本課程為進階的藥物化學課程，主要為介紹與講解小分子藥物的藥物作用和設計藥物的原理和方法。課程的第一部分為探討以酵素為標的的藥物，講解酵素動力學與抑制劑的設計原理。第二部分為受體的研究，主要講解這一類藥物的作用方式。第三部分為核酸的藥物設計與核酸的作用關係。第四部分重點在闡述藥物設計的原理，講解化學上修飾藥物修飾的方法與結構與活性的關係。第五部分為探討藥物的的似藥特性(drug-like properties)，探討如何設計化合物可以改善其藥物的溶解度、脂溶性、pKa、穿透度、安定性、蛋白質結合力、毒性、代謝方式和毒性，以及prodrug的設計原理和應用。